MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Coding Repeats of Borrelia recurrentis A1 plasmid pl35

Total Repeats: 293

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_011255	ACT	2	6	1505	1510	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	203288401
2	NC_011255	ATG	2	6	1544	1549	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	203288401
3	NC_011255	TCA	2	6	1575	1580	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	203288401
4	NC_011255	CTT	2	6	1597	1602	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	203288401
5	NC_011255	CT	3	6	1689	1694	0 %	50 %	0 %	50 %	203288401
6	NC_011255	TTG	2	6	1700	1705	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	203288401
7	NC_011255	TGT	2	6	1736	1741	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	203288401
8	NC_011255	CAT	2	6	1774	1779	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	203288401
9	NC_011255	TTA	3	9	1836	1844	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	203288401
10	NC_011255	CAAA	2	8	1888	1895	75 %	0 %	0 %	25 %	203288401
11	NC_011255	TAC	2	6	3394	3399	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	203288402
12	NC_011255	ACT	2	6	3400	3405	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	203288402
13	NC_011255	CTT	2	6	3411	3416	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	203288402
14	NC_011255	TTC	2	6	3456	3461	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	203288402
15	NC_011255	TAG	2	6	3465	3470	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	203288402
16	NC_011255	CTG	2	6	3528	3533	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	203288402
17	NC_011255	TTA	2	6	3597	3602	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	203288402
18	NC_011255	T	6	6	3674	3679	0 %	100 %	0 %	0 %	203288402
19	NC_011255	GCA	2	6	3680	3685	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	203288402
20	NC_011255	CAG	2	6	3696	3701	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	203288402
21	NC_011255	TGC	2	6	3733	3738	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	203288402
22	NC_011255	AT	3	6	3741	3746	50 %	50 %	0 %	0 %	203288402
23	NC_011255	CAC	2	6	3750	3755	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	203288402
24	NC_011255	GCT	2	6	3896	3901	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	203288402
25	NC_011255	CAA	2	6	3924	3929	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	203288402
26	NC_011255	CTGC	2	8	3951	3958	0 %	25 %	25 %	50 %	203288402
27	NC_011255	T	7	7	4024	4030	0 %	100 %	0 %	0 %	203288402
28	NC_011255	AACT	2	8	4039	4046	50 %	25 %	0 %	25 %	203288402
29	NC_011255	TAAAC	2	10	4099	4108	60 %	20 %	0 %	20 %	203288402
30	NC_011255	CTT	2	6	4188	4193	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	203288402
31	NC_011255	CAC	2	6	4363	4368	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	203288402
32	NC_011255	ATC	2	6	4382	4387	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	203288402
33	NC_011255	TTC	2	6	4418	4423	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	203288402
34	NC_011255	CCT	2	6	4434	4439	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	203288402
35	NC_011255	TCT	2	6	4446	4451	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	203288402
36	NC_011255	T	6	6	4459	4464	0 %	100 %	0 %	0 %	203288402
37	NC_011255	A	7	7	4492	4498	100 %	0 %	0 %	0 %	203288402
38	NC_011255	TA	3	6	4506	4511	50 %	50 %	0 %	0 %	203288402
39	NC_011255	TAA	2	6	6363	6368	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	203288403
40	NC_011255	TATC	2	8	6426	6433	25 %	50 %	0 %	25 %	203288403
41	NC_011255	ATCT	2	8	6460	6467	25 %	50 %	0 %	25 %	203288403
42	NC_011255	TATC	2	8	6513	6520	25 %	50 %	0 %	25 %	203288403
43	NC_011255	ATT	2	6	6598	6603	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	203288403
44	NC_011255	CAA	2	6	6693	6698	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	203288403
45	NC_011255	TATC	2	8	6699	6706	25 %	50 %	0 %	25 %	203288403
46	NC_011255	ATCT	2	8	6733	6740	25 %	50 %	0 %	25 %	203288403
47	NC_011255	ATT	2	6	6751	6756	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	203288403
48	NC_011255	TAG	2	6	6864	6869	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	203288403
49	NC_011255	ATC	2	6	6901	6906	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	203288403
50	NC_011255	TC	3	6	6912	6917	0 %	50 %	0 %	50 %	203288403
51	NC_011255	AATAAA	2	12	8906	8917	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	203288404
52	NC_011255	ATTAT	2	10	8936	8945	40 %	60 %	0 %	0 %	203288404
53	NC_011255	ACT	2	6	9080	9085	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	203288404
54	NC_011255	GAA	2	6	9086	9091	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	203288404
55	NC_011255	A	6	6	9090	9095	100 %	0 %	0 %	0 %	203288404
56	NC_011255	TA	3	6	9112	9117	50 %	50 %	0 %	0 %	203288404
57	NC_011255	AT	3	6	9126	9131	50 %	50 %	0 %	0 %	203288404
58	NC_011255	ACA	2	6	9156	9161	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	203288404
59	NC_011255	AAG	2	6	9183	9188	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	203288404
60	NC_011255	CAA	2	6	9202	9207	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	203288404
61	NC_011255	GAT	2	6	9236	9241	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	203288404
62	NC_011255	TAAG	2	8	9267	9274	50 %	25 %	25 %	0 %	203288404
63	NC_011255	TA	3	6	9303	9308	50 %	50 %	0 %	0 %	203288404
64	NC_011255	GATCA	2	10	9332	9341	40 %	20 %	20 %	20 %	203288404
65	NC_011255	TAT	2	6	9371	9376	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	203288404
66	NC_011255	ATC	2	6	9399	9404	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	203288404
67	NC_011255	CTA	2	6	9447	9452	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	203288404
68	NC_011255	T	6	6	9467	9472	0 %	100 %	0 %	0 %	203288404
69	NC_011255	TA	4	8	9481	9488	50 %	50 %	0 %	0 %	203288404
70	NC_011255	AAT	2	6	9490	9495	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	203288404
71	NC_011255	A	6	6	9516	9521	100 %	0 %	0 %	0 %	203288404
72	NC_011255	A	6	6	9535	9540	100 %	0 %	0 %	0 %	203288404
73	NC_011255	TGT	2	6	9588	9593	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	203288404
74	NC_011255	ATA	2	6	9595	9600	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	203288404
75	NC_011255	AAT	2	6	9768	9773	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	203288405
76	NC_011255	TAC	2	6	9794	9799	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	203288405
77	NC_011255	AGT	2	6	9805	9810	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	203288405
78	NC_011255	ATA	2	6	9821	9826	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	203288405
79	NC_011255	CAA	2	6	9852	9857	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	203288405
80	NC_011255	AAC	2	6	9869	9874	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	203288405
81	NC_011255	A	6	6	9887	9892	100 %	0 %	0 %	0 %	203288405
82	NC_011255	GAA	2	6	9898	9903	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	203288405
83	NC_011255	T	6	6	9948	9953	0 %	100 %	0 %	0 %	203288405
84	NC_011255	AAG	2	6	9956	9961	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	203288405
85	NC_011255	TAA	2	6	9987	9992	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	203288405
86	NC_011255	GAA	3	9	10003	10011	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	203288405
87	NC_011255	TAAAA	2	10	10014	10023	80 %	20 %	0 %	0 %	203288405
88	NC_011255	CAA	2	6	10081	10086	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	203288405
89	NC_011255	AGT	2	6	10104	10109	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	203288405
90	NC_011255	CTG	2	6	10150	10155	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	203288405
91	NC_011255	AAAT	2	8	10200	10207	75 %	25 %	0 %	0 %	203288405
92	NC_011255	AAGA	2	8	10237	10244	75 %	0 %	25 %	0 %	203288405
93	NC_011255	GAAT	2	8	15719	15726	50 %	25 %	25 %	0 %	203288406
94	NC_011255	AAT	2	6	15891	15896	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	203288406
95	NC_011255	TTA	2	6	15928	15933	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	203288406
96	NC_011255	TAT	2	6	15945	15950	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	203288406
97	NC_011255	A	7	7	15952	15958	100 %	0 %	0 %	0 %	203288406
98	NC_011255	TTA	2	6	15961	15966	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	203288406
99	NC_011255	AT	3	6	15990	15995	50 %	50 %	0 %	0 %	203288406
100	NC_011255	AAAT	2	8	16008	16015	75 %	25 %	0 %	0 %	203288406
101	NC_011255	ATG	2	6	16070	16075	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	203288406
102	NC_011255	ACA	2	6	16107	16112	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	203288406
103	NC_011255	A	6	6	16125	16130	100 %	0 %	0 %	0 %	203288406
104	NC_011255	GTCA	2	8	16174	16181	25 %	25 %	25 %	25 %	203288406
105	NC_011255	TAA	3	9	16191	16199	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	203288406
106	NC_011255	A	7	7	16198	16204	100 %	0 %	0 %	0 %	203288406
107	NC_011255	ATA	2	6	16208	16213	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	203288406
108	NC_011255	A	8	8	16213	16220	100 %	0 %	0 %	0 %	203288406
109	NC_011255	AGAAA	2	10	16245	16254	80 %	0 %	20 %	0 %	203288406
110	NC_011255	A	6	6	16278	16283	100 %	0 %	0 %	0 %	203288406
111	NC_011255	GAA	2	6	16383	16388	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	203288406
112	NC_011255	TAAA	2	8	16423	16430	75 %	25 %	0 %	0 %	203288406
113	NC_011255	AAG	2	6	16468	16473	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	203288407
114	NC_011255	A	8	8	16482	16489	100 %	0 %	0 %	0 %	203288407
115	NC_011255	A	7	7	16500	16506	100 %	0 %	0 %	0 %	203288407
116	NC_011255	A	6	6	16514	16519	100 %	0 %	0 %	0 %	203288407
117	NC_011255	AG	4	8	16537	16544	50 %	0 %	50 %	0 %	203288407
118	NC_011255	AT	3	6	16559	16564	50 %	50 %	0 %	0 %	203288407
119	NC_011255	T	6	6	16625	16630	0 %	100 %	0 %	0 %	203288407
120	NC_011255	ATTT	2	8	16674	16681	25 %	75 %	0 %	0 %	203288407
121	NC_011255	GTAT	2	8	16710	16717	25 %	50 %	25 %	0 %	203288407
122	NC_011255	A	6	6	16738	16743	100 %	0 %	0 %	0 %	203288407
123	NC_011255	ATT	2	6	16772	16777	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	203288407
124	NC_011255	A	6	6	16823	16828	100 %	0 %	0 %	0 %	203288407
125	NC_011255	T	6	6	16836	16841	0 %	100 %	0 %	0 %	203288407
126	NC_011255	TA	3	6	16844	16849	50 %	50 %	0 %	0 %	203288407
127	NC_011255	TAT	2	6	16859	16864	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	203288407
128	NC_011255	T	7	7	16864	16870	0 %	100 %	0 %	0 %	203288407
129	NC_011255	ATT	2	6	16906	16911	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	203288407
130	NC_011255	ATA	2	6	16916	16921	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	203288407
131	NC_011255	AT	3	6	16940	16945	50 %	50 %	0 %	0 %	203288407
132	NC_011255	A	7	7	16998	17004	100 %	0 %	0 %	0 %	203288407
133	NC_011255	AAT	2	6	17010	17015	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	203288407
134	NC_011255	TAC	2	6	17052	17057	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	203288408
135	NC_011255	ATT	2	6	17076	17081	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	203288408
136	NC_011255	GATA	2	8	17106	17113	50 %	25 %	25 %	0 %	203288408
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.